L’holotype est un individu unique, désigné comme spécimen type d’une espèce – c’est à partir de l’holotype que les caractéristiques morphologiques d’une espèce sont en effet inventoriées et décrites. C’est donc en quelque sorte le standard, l’étalon, auquel il faut obligatoirement se référer. Dans la pratique, l’holotype n’est pas forcément le spécimen fossile le plus connu ou le plus complet, c’est souvent le premier découvert et surtout celui à partir duquel l’espèce a été décrite.

Par exemple, l’holotype d’Australopithecus afarensis est la mandibule LH4, découverte à Laetoli en 1975, et non Lucy ou un autre des nombreux fossiles de Hadar. L’holotype d’Homo erectus est la calotte de Trinil, trouvé à Java ; celui des néandertaliens est le fossile de la grotte Feldhofer, dans la vallée de Neander. Notre espèce, Homo sapiens, n’a pas d’holotype.